Подскажите что может быть если работодатель не правильно применил налоговую льготы и недоплатил налоги? Ответственность полностью на сотруднике?

Так она всегда на сотруднике. Подавать декларацию и доплачивать.

Это да, просто интересно было, влияет ли как то, то кто именно оплачивал налоги, если это делает компания

Ну вы же понимаете, что недоплаченная сумма была вами получена? (Так как применялась льгота). Тоесть вы получали денег больше, но хотите чтобы так и оставалось, а работодатель заплатил разницу сейчас? Самым логичным будет поговорить с бухгалтером вашей компании, что было в договоре и почему такая сумма. Может у вас были экстра выплаты, а может вы все еще имеете право на льготу. Есть компании (знаю лично кейсы), где бухгалтерия взяла такого рода оплату на себя, лично я оплачивала разницу за себя сама (слава богу была не большая)

У меня другая ситуация, с работодателем договорились на сумму net, при этом он хочет воспользоваться льготой при оплате моих налогов, вот я и думаю не будет ли ситуации при которой я останусь должен налоговой, если инспектор не согласится со льготой

Есть четкие критерии попадание вы под льготу 20% / 50% или нет. Если попадаете- не вижу проблемы.

Как я понял критерии не такие уж четкие, со слов юриста компании, по крайне мере он сам сомневается

Обратитесь к независимому бухгалтеру.

Уже обращался, тоже подтвердили, но хотелось бы полностью перестраховаться от рисков

Зависит от того что написано в трудовом Гросс или Нет И какие налоги не доплатили Подоходный налог это личная ответственность

В любом случае это ваши личные налоги и ваша личная ответственность за сумму, а разбор полётов - ну смотря что значит "неправильно". Вы должны были подать форму TD59 при найме/в начале года, где заявляли свои вычеты. Бухгалтерия должна применять их согласно вашему заявлению.