Если есть налоговая скидка 50% (первое место работы на Кипре, зарплата более 55К Гросс), она распространяется на доходы из-за рубежа (зарплата или разовая выплата, доход по акциям или облигациям)?

Нет, внешние доходы надо считать без скидки

Она распространяется только на доходы от работодателя.