Проконсультируйте, пожалуйста по ситуации. У жены гражданина ЕС (не киприота), который постоянно проживает и работает на Кипре есть Yellow slip. Если она будет отсутствовать на Кипре более 90 дней, она лишится своего yellow slip? Если лишится, она сможет снова получить новый?

Теоретически да - лишится, практически нет. А если сделает meu3 то может 2 года отсутствовать.

Заполняла MEU 2, a для формы MEU 3 какие-то особые основания нужны?

Meu2 это для супругов, для граждан ЕС meu1 и потом meu3