Скажите плз, при заполнении анкеты на получение заграна в консульстве РФ в Никосии, если просрочен внутренний паспорт РФ, что указывать в поле "Тип документа", "Паспорт гражданина РФ" со всеми данными или "Документ отсутствует" ?

Напишите, что у вас его нет. Ведь по-факту он уже не валиден. Главное, чтобы был действующий загран.