Добрый день, вопрос есть про налоги юр лиц в ЕС. Заключаем договор b2b. Заказчик в одной стране ЕС, юр лицо-исполнитель в Эстонии зарегистрирован, а владелец и сам исполнитель работ резиденты Кипра. Подскажите, где фирма исполнитель будет платить налоги? В Эстонии? На кипре? Может кто-то может проконсультировать?

Должна на Кипре. И исполнитель должен иметь право на работу на Кипре если заказчик с Кипра.

Заказчик не с Кипра. Разрешение на работу у исполнителя есть (meu2)

Тогда по понятиям на Кипре.

Компания может и в Эстонии. Зависит где у компании физическое присутствие и откуда осуществляется управление компанией? Офис, директор, бухгалтерия, банк.счета, где проходят собрания директоров/акционеров и т.п.

Корпоративные налоги компания платит в Эстонии, дальше вопрос какой у вас договор с этой компанией, если вы ее сотрудник (и) то подоходный с зарплаты и социальные выплаты также будет удерживать эстонская компания.