не подскажете кто сталкивался, можно ли продолжать владеть компанией на Кипре после того как перестать быть его резидентом, то есть если переехать, не будет ли проблем с бизнес счетом в банке и тд?

Можно

1. Владеть можно. 2. Со счетом проблемы скорее всего будут, зависит от расторопности местного директора.

а директор я, но секретарь и бухгалтер местные

тогда всё плохо будет / может быть - как только вы перестанете быть резидентом ЕС