Можно ли оплатить пошлину за компанию 350 евро самому через JCC, а не через юристов ?

да, я в пятницу сделал. регистрируетесь на JCC, там выбираете annual registration fee и вводите регистрационный номер компании (напр. HE....). И платите картой. Максимально straightforward процедура))