здравствуйте. Кто-то сталкивался со случаем, чтобы отсутствие на Кипре по командировке человека с рабочей визой на Кипре, засчитывалось как “присутствие” для целей натурализации?

Я не слышал, но есть исключения если по государственным нуждам...