Ну я там не вижу однозначного указания на то, что необходимо находиться за пределами Кипра

Вы не первый кто находит этот пункт, можете по чату поиском поискать. Нет, это так не работает.

На русский кривовато переведено

Много раз в чате обсуждали.

Ищите по чату поиском "90 дней" - тут чуть ли по словам это много раз разбирали.

вы не можете выполнять 90+ дней в году работу вне Кипра, находясь на Кипре. не важно что у вас в контракте написано, важен факт.

Получается, если 90 дней работать находясь не на Кипре, но с кипрским налоговым резидентством (например, по LTRP), то реально можно сократить налог до 0?

Должен быть трудовой договор с внешней компанией. вычет будет только на этот доход. Аудиторы сказали что если вдруг налоговая решит что вы также работали по этому договору находясь на Кипре (например во время нахождения на Кипре были рабочие емайлы), то на этот доход нужно платить налог. короче это для моряков больше