Подскажите, сколько месяцев в году можно отсутствовать на Кипре, если подался на visa visitors, а положительного решения нет? Оно постоянно на рассмотрении

Не более 90 дней. Про это явно написано у вас в ресипте...

Не более 90 дней - это за одно отсутствие или за год?

За одно.