поясню: мой работодатель говорит, что миграционка не возвращает договор, хотя мне кажется, что это супер странно и я не оч доверяю тут своему работодателю

Надо было копию отдавать

В миграцию дают копию, обычно

При необходимости юристы работодателя могут выпросить оригинал из вашего файла. Типа случайно отдали вместо копии, верните пожалуйста, очень нужно, а то начальство сильно ругает.