Вообще если я вылечу сейчас например в Сербию И влечу уже с разрешением , будут ли какие-то проблемы ?

вы уже нарушаете, если вас внесут в стоп лист - то да, могут быть проблеммы с entry permit

Как тогда быть ? Что сделать, что бы не наделать ошибок. Когда я бронировал Слот в имигрейшен, я сказал, что мои 90 дней уже скоро истекут. Мне сам сотрудник сказал , что все норм имея слот можно вполне легально находиться ( Слот я забронировал до истечения 90 дней) А сейчас, когда работодатель получил разрешение от министерства труда на оформление меня Возникла проблема

Обратится к юристам.
https://t.me/cylaw/109087

Бронь слота не дает вам разрешения находиться свыше 90 дней вне зависимости от чьих-то слов.

» Мне сам сотрудник сказал , что все норм имея слот можно вполне легально находиться

А у вас есть документ про это или просто слова? ))

Получается что нет( Только письмо на почте с подтверждением бронирования