Подскажите пожалуйста. Правильно ли я понимаю, что если влетел на кипр по двукратной болгарской визе, то слетать в Израиль и вернуться на Кипр уже нельзя будет?

Если этот прилет у Вас второй - то нет

Прилетел на кипр в 1 прилёт. Теоретическое возвращение из Израиля будет вторым въездом на кипр по этой визе. (Встречал комментарии, что по болгарской двукратной только один въезд делать можно на кипр)

Ну вот и ответ