Д.день, кто нбд знает, могут отказать во въезде на Кипр, если действующая виза Шенген стоит в старом загран паспорте на руках, но въезд по новому загранпаспорту только что выданному

Должно быть всё хорошо. Старый паспорт действует, новый для штампа и потом миграции. Просто так и объясните.