Знает кто, работодатель на Кипре обязан перечислять зарплату с кипрского счета компании только на кипрский счет сотрудника или может на любой в ЕС?

На любой

Таких обязательств у работодателя нет, вопрос в том кто будет брать на себя расходы по переводу. Если ничего не оговорено, то работодатель может выписать вам чек и это на Кипре будет нормальной практикой, а вот что вы с этим чеком будете делать за границей Кипра это будет вашей проблемой