Тогда как быть с Германией и их правилами 15.06. Там будут пускать из шенгенской зоны + ЕС. Попадают те, кто летит из Кипра, но граждане РФ с шенгенскими визами? Или в пролете?

По смыслу - в пролёте, а на практике - увидим