Подскажите, пожалуйста, я правильно понимаю, что Кипр не принимает электронный апостиль, и однозначно нужно ехать за апостилем в страну выдачи документа?

Смотря какая страна, какие документы и в какое ведомство. Если для мигрейшен - у них на сайте есть целый раздел про требования к переводам документов. Для вашего удобства в закрепе этого чата есть ссылка на этот раздел.