хотел спросить, если 2 загран паспорта РФ, пластик оформлен на один из них. Получается со вторым паспортом на кипр не въехать/не выехать если первый будет сдан в посольство на получение визы?

Почему вы так думаете?

ну когда пластик оформлял они же вписывали определенный номер паспорта. я так понимаю есть соответствие номер паспорта рф - пластик кирпа.

Вообще вы должны им были оба паспорта отдать в заявку на пластик. Но вылететь по аторому тоже можно, заложите немного времени на то что его могут на погран контроле добавить и это займет время.