Добрый вечер! Подскажите пожалуйста, может у кого нибудь есть опыт перелета с Кипра в Эстонию (при наличии шенгена разумеется)?
судя по этой статье https://polis812.ru/blog/novye-pravila-vezda-v-estoniyu-v-sentyabre-2022-goda/#17689_menuItem3
обладатели ВНЖ стран ЕС могут въехать.

У них нет такого. Именно у Эстонии зато есть, что вы можете сделать транзит в страну постоянного проживания. То есть вас должны пустить и в Эстонию чтобы улететь на Кипр, и с Кипра чтобы уехать в Россию, если есть шенген + внж Кипра Другой вопрос, как сажают туда сотрудники хендлингов в ларнаке той же. Я бы заранее бы съездил, узнал, какая хендлинговая компания обслуживает авиакомпанию, который вы полетите в Таллинн, попросил бы супервайзера и обсудил бы с ним.