Мне кажется вы все смешали в кучу. Если работник находится вне Кипра, то он будет независимым контрактором для Кипра, даже если вы назовете договор employment agreement. В этом случае никаких налогов на Кипре не возникнет, и квалифицировать отношения employer->employee никто не будет, так как работник не на Кипре. Но могут возникнуть проблемы в стране, где находится работник - в некоторых случаях возникает обязанность открывать представительство, или работать через аутстафф. Если же вы официально наняли сотрудника в штат, получив разрешение на работу, то на Кипре нужно платить все налоги, включая социалку, а если он находится 183+ дня в году в другой стране, то разбираться там с налогами.

Если это так с точки зрения законодательства, зачем тогда законодателю распространять действие налоговых скидок на нерезидентов?

это если брать в штат

Так вопрос так изначально и стоял, что человека взяли в штат

непонятно зачем. будет платить все налоги на Кипре, получать разрешение на работу и разбираться с налогами в другой стране