Простите, может я конечно слепой, но я никак не могу найти алгоритм: пошёл сдал тест у аптеки, если он положительный - самоизолировался на x дней и сообщил соответсвующие органам

Вроде всё. Но я бы, на вашем месте, таки позвонил бы какому-нибудь врачу. Выпускает с карантина или врач, или release team министерства здравоохранения. Но их контакт с наскоку не находится. Есть горячая линия 1474, можете позвонить им.

в eudcc появился положительный тест? Надо добиться от министерства проверки PCR, а то потом не докажешь и QR код переболевшего не дадут.

Для того, чтобы наверняка нужно сдать именно PCR? У аптек их сдают или там только rapid?

Да, PCR. В аптеках нет. Если у вас положительный рапид вы сами уже никуда не можете, только по направлению министерства. Проверьте eudcc.gov.cy - смс получили?