Мне юрист сказал, что возвращаться на Кипр нужно по тому же паспорту, с которым улетал, иначе будут вопросы при получении гражданства

Вопросы будут если второй паспорт "пропадёт" и копий не предоставите. А так вы смело можете получить новый не на Кипре.